Dermatología Argentina, Vol 25, No 1 (2019)

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Secuenciación masiva de ADN: la próxima generación

Ana Mordoh

Resumen


El término secuenciación comprende el análisis de diferentes entidades moleculares a fin de conocer su composición nucleotídica precisa. Con ella es posible analizar un genoma completo (WGS, secuenciación genómica completa), un exoma (WES, secuenciación exómica completa), el transcriptoma (RNA-seq), paneles de genes y patrones genómicos de metilación. Los métodos de secuenciación masiva desarrollados después del método de Sanger, llamados de próxima generación, permiten secuenciar cantidades enormes de ADN e incluyen la pirosecuenciación, la secuenciación por unión y la secuenciación por síntesis. Su principal ventaja consiste en poder secuenciar gran cantidad de ADN en poco tiempo y a un costo relativamente bajo. Todas las técnicas de secuenciación masiva de próxima generación constan de cuatro pasos: preparación del templado (molde de ADN a secuenciar), preparación de grupos de fragmentos de ADN clonal, secuenciación y análisis de datos. Mediante la secuenciación masiva se busca, por lo general, caracterizar variantes germinales y somáticas en pacientes individuales y, en cohortes con gran número de casos, identificar mutaciones tumorales drivers, mutaciones que predispongan al cáncer en la línea germinal o aquellas relacionadas con factores ambientales. Los grandes estudios poblacionales de asociación genómica (GWAS), de casos y controles, utilizan esta técnica. 

Palabras clave: secuenciación masiva, secuenciación de próxima generación, secuenciación por síntesis, exoma, variantes génicas, polimorfismos de nucleótido único.

Dermatol. Argent. 2019, 25 (1): 02-08

DNA massive sequencing: the next generation

Abstract

Sequencing means the analysis of several molecular entities, to know their precise nucleotide composition. With this tool, it is possible to evaluate a complete genome (WGS), an exome (WES), a transcriptome (RNA-seq), gene panels and genomic methylation patterns. Massive sequencing technologies, developed after Sanger sequencing method, known as next generation sequencing (NGS), can sequence huge quantities of DNA and include: pyro-sequencing, union sequencing and sequencing by synthesis. Their main advantage is their ability to sequence large quantities of DNA fast and at a relative low price. All NGS technologies have four basic steps: sample preparation (DNA template), cluster generation, sequencing and data analysis. Massive sequencing technologies allow characterization of germinal and somatic variants in individual patients and driver mutations in big cohorts, identification of germinal predisposition mutations, as well as those related with environmental factors. Large case-controls population studies of genomic association (GWAS) employ massive sequencing for variant analysis.

Key words: massive sequencing, next generation sequencing, sequencing by synthesis, exome, genomic variants, single nucleotide polymorphism.

Dermatol. Argent. 2019, 25 (1): 02-08


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